フェリーの運航(一般旅客定期航路事業)は許可制であり、運航する事業者が、航路の拠点を管轄する地方運輸局に許可を申請します。
たとえば東京~伊豆諸島間の航路であれば関東運輸局の管轄ですし、大分~大分空港のホバークラフトであれば九州運輸局であることが明らかです。
しかし、中・長距離フェリーのような複数の地域にまたがる航路の場合、どこが拠点か、すなわちどこが管轄の運輸局か判断がつかないものです。
筆者は以前、地方運輸局に対して、一般旅客定期航路事業の申請関係の文書を開示請求しました。その準備で、主要な航路の管轄を調べたので、自分のためにも書き残します。なお、主要な航路というのは私の主観で選んだものである点をご了承ください。
| 事業者 | 航路 | 管轄 |
| 津軽海峡フェリー株式会社 | 室蘭~青森 | 北海道運輸局 |
| 津軽海峡フェリー株式会社 | 函館~青森 | 北海道運輸局 |
| 津軽海峡フェリー株式会社 | 函館~大間 | 北海道運輸局 |
| 青函フェリー株式会社 | 函館~青森 | 北海道運輸局 |
| 川崎近海汽船株式会社 | 宮古~室蘭 | 東北運輸局 |
| 川崎近海汽船株式会社 | 八戸~苫小牧 | 東北運輸局 |
| 株式会社商船三井さんふらわあ | 大洗〜苫小牧 | 関東運輸局 |
| 太平洋フェリー株式会社 | 名古屋〜仙台〜苫小牧 | 中部運輸局 |
| 新日本海フェリー株式会社 | 舞鶴〜敦賀〜新潟〜秋田〜小樽〜苫小牧 | 近畿運輸局 |
| 株式会社名門大洋フェリー | 大阪〜門司 | 近畿運輸局 |
| 株式会社商船三井さんふらわあ | 大阪〜志布志 | 近畿運輸局 |
| 株式会社商船三井さんふらわあ | 大阪〜別府 | 近畿運輸局 |
| 南海フェリー株式会社 | 和歌山~徳島 | 近畿運輸局 |
| ジャンボフェリー株式会社 | 神戸~坂手~高松 | 神戸運輸監理部 |
| 四国開発フェリー株式会社 | 東予~新居浜~神戸~大阪 | 四国運輸局 |
| 四国開発フェリー株式会社 | 八幡浜~臼杵 | 四国運輸局 |
| 株式会社宿毛フェリー | 宿毛~佐伯 | 四国運輸局 |
| 宇和島運輸株式会社 | 八幡浜~臼杵 | 四国運輸局 |
| 宇和島運輸株式会社 | 八幡浜~別府 | 四国運輸局 |
| 東京九州フェリー株式会社 | 新門司〜横須賀 | 九州運輸局 |
| 阪九フェリー株式会社 | 新門司〜泉大津 | 九州運輸局 |
| 阪九フェリー株式会社 | 新門司〜神戸 | 九州運輸局 |
| 宮崎カーフェリー株式会社 | 宮崎〜神戸 | 九州運輸局 |
| 株式会社商船三井さんふらわあ | 大分〜神戸 | 九州運輸局 |
| オーシャントランス株式会社 | 北九州〜徳島〜東京 | 九州運輸局 |
| 国道九四フェリー株式会社 | 佐賀関~三崎 | 九州運輸局 |
マルエーフェリーの関東航路、関西航路(休止中)は九州運輸局が担当しているようですが、航路名がわからないので表に入れていません。
※筆者は法令や行政のことを体系的に学習したことがないので、管轄、所管、所掌などの言葉の使い方がよくわかっていません。ご承知おきください。